1964年４月	海運再建整備に関する臨時措置法に基づき、大阪商船株式会社と三井船舶株式会社が（三井船舶株式会社を存続会社として）対等合併し、本店を大阪市に置き商号を「大阪商船三井船舶株式会社」と変更、合併時の資本金131億円、所有船舶86隻127万重量トン
1966年10月	内航近海部門を分離し、商船三井近海株式会社を設立
1969年８月	日本沿海フェリー株式会社発足
1970年10月	船客部門業務を分離し、商船三井客船株式会社設立
1986年８月	北米における定期船・物流部門を統括するMITSUI O.S.K.LINES(AMERICA),INC. (現、MOL (AMERICA) INC.）を設立
1989年６月	山下新日本汽船株式会社とジャパンライン株式会社が合併し、ナビックスライン株式会社発足
1989年７月	三井航空サービス株式会社と商船航空サービス株式会社が合併し、エムオーエアシステム株式会社（現、商船三井ロジスティクス株式会社）発足
1990年８月	株式会社ダイヤモンドフェリーに資本参加
1993年10月	日本海汽船株式会社を合併
1995年10月	新栄船舶株式会社を合併
1996年４月	東京マリン株式会社（現　MOLケミカルタンカー株式会社）に資本参加
1999年４月	ナビックスライン株式会社と合併し、商号を「株式会社　商船三井」に変更株式会社商船三井エージェンシイズ（神戸）、株式会社商船三井エージェンシイズ (横浜)、東海シッピング株式会社、モンコンテナ株式会社が合併し、株式会社エム・オー・エル・ジャパン（現株式会社MOL JAPAN）が発足し、定航営業部、大阪支店、名古屋支店の業務を同社に移管
2000年４月	商船三井興業株式会社、日本工機株式会社、ナビックステクノトレード株式会社が合併し、商船三井テクノトレード株式会社発足
2001年３月	商船三井フェリー株式会社発足
2001年７月	株式会社エム・オー・シーウェイズにナビックス近海株式会社の近海部門を移管し、それぞれ商船三井近海株式会社及びナビックス内航株式会社に商号を変更（ナビックス内航株式会社は2003年７月に商船三井内航株式会社と、2014年９月に株式会社商船三井内航とそれぞれ商号を変更）
2004年10月	ダイビル株式会社の株式を公開買付し、子会社化
2006年３月	宇徳運輸株式会社（現株式会社宇徳）の株式を公開買付し、子会社化
2007年６月	商船三井フェリー株式会社と九州急行フェリー株式会社が合併 (存続会社は商船三井フェリー株式会社）
2007年７月	株式会社ダイヤモンドフェリーと株式会社ブルーハイウエイ西日本が合併 (存続会社は株式会社ダイヤモンドフェリー）
2008年10月	商船三井テクノトレード株式会社と山和マリン株式会社が合併 (存続会社は商船三井テクノトレード株式会社）
2009年４月	関西汽船株式会社を子会社化
2009年９月	日産専用船株式会社を子会社化
2009年10月	関西汽船株式会社と株式会社ダイヤモンドフェリーは共同株式移転により株式会社フェリーさんふらわあを設立
2011年10月	関西汽船株式会社、株式会社ダイヤモンドフェリー、及び株式会社フェリーさんふらわあが合併（存続会社は株式会社フェリーさんふらわあ）
2014年10月	株式会社エム・オー・エル・マリンコンサルティングと株式会社MOLケーブルシップが合併し、株式会社MOLマリンに商号変更（存続会社は株式会社エム・オー・エル・マリンコンサルティング）
2016年７月	株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）の海外引越事業を商船三井ロジスティクス株式会社に譲渡
2016年10月	株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）の海外引越事業を除く全事業を株式会社宇徳に譲渡（株式会社ジャパンエキスプレス（本店：横浜）は事業を停止）
2017年７月	当社、川崎汽船株式会社、日本郵船株式会社の３社が、定期コンテナ船事業統合会社としてオーシャンネットワークエクスプレスホールディングス株式会社を設立（在邦持株会社。事業運営会社はOCEAN NETWORK EXPRESS PTE. LTD.）
2021年4月	株式会社MOLマリンとMOLエンジニアリング株式会社が合併し、MOLマリン＆エンジニアリング株式会社に商号変更（存続会社は株式会社MOLマリン）商船三井近海株式会社から商船三井ドライバルク株式会社への商号変更
2022年3月	株式会社宇徳の株式を公開買付し、完全子会社化
2022年4月	不定期船事業、木材チップ船事業、およびパナマックス事業（鉄鋼産業・国内電力向けを除く）を商船三井ドライバルク株式会社へ承継ダイビル株式会社の株式を公開買付し、完全子会社化
2022年11月	商船三井ロジスティクス株式会社は自己株式を取得し、完全子会社化

Mitsui O.S.K. Lines, Ltd.JP:9104