1969年８月	医療面に関する受託臨床検査を目的として札幌市北14条西２丁目１番地に、株式会社第一臨床検査センターを設立。資本金130万円。
1978年９月	本社を札幌市北区北24条西２丁目22番地に移転。
1980年11月	北海道岩内郡岩内町に設立された株式会社後志第一臨床検査センターに資本参加。
1981年11月	北海道旭川市に設立された株式会社第一臨床検査センターに資本参加。
1987年12月	株式会社後志第一臨床検査センターの営業権を譲受け、後志支社とする。
1988年３月	株式会社第一臨床検査センター（旭川市）を吸収合併し、旭川支社とする。合併に伴い、北見営業所、名寄営業所を引き継ぐ。
1988年10月	新社屋完成。本社を札幌市東区東苗穂５条１丁目２番１号に移転。
1989年５月	株式会社オータニを吸収合併し、ドラッグストア６店舗を引き継ぐ。事業部制を採用し、検査部門を診断事業部、販売部門をリテール事業部とする。
1989年10月	有限会社稚内臨床検査センターの営業権を譲受け、稚内営業所（診断事業部）とする。
1993年５月	北海道旭川市に処方箋調剤薬局「第一薬局」（現アイン薬局豊岡店）を出店し、調剤薬局事業に本格的に参入。
1994年３月	日本証券業協会に株式を店頭登録。
1994年６月	東京都新宿区に子会社の株式会社アインメディカルシステムズを設立。
1995年５月	調剤薬局事業を物販事業部から分離し、医薬事業部を新設。
1995年10月	仙台市青葉区に東北支店（医薬事業部）を開設。
1996年10月	物販事業部門の店舗CIを実施し、店舗名称を「アインズ」に統一。
1998年10月	臨床検査事業の全部を株式会社第一臨床検査センター札幌ラボラトリーに営業譲渡し、診断事業部並びに同部門に属する９事業所を廃止。
1998年11月	株式会社アインファーマシーズに商号を変更。
1999年２月	丸紅株式会社と株式会社アインメディカルシステムズとの三者間で、調剤薬局事業に関する業務提携及び資本提携契約を締結。
2000年２月	大阪府守口市に大阪支店（現関西第一支店及び関西第二支店、大阪市北区）を開設。
2001年10月	岩手県下閉伊郡山田町（現岩手県宮古市）に子会社の株式会社宮古アイン（連結子会社）を設立。
2002年10月	株式会社アインメディカルシステムズが日本証券業協会に株式を上場。札幌市中央区に新業態のコスメ&ドラッグストア「アインズ&トルペ地下街店」を出店する。
2002年11月	今川薬品株式会社（茨城県つくば市）と合併し、調剤薬局44店舗とドラッグストア12店舗を引継ぐ。
2004年１月	新業態のコスメ&ドラッグストアへの営業強化のため、関東地区のドラッグストア８店舗の営業を譲渡する。
2004年５月	東海地区で調剤薬局10店舗及びドラッグストア12店舗を経営するナイスドラッグ株式会社（名古屋市中村区）の全株式を取得し、完全子会社とする。
2004年９月	医療に関するコンサルティング及び情報誌を販売する株式会社メディウェルの株式を取得し、同社を子会社（2007年４月期より連結子会社）とする。
2004年12月	株式会社アインメディカルシステムズの株式を追加取得し、同社を子会社とする。
2005年４月	関東地区及び長野県で調剤薬局16店舗を経営する株式会社リジョイスの全株式を取得し、同社を完全子会社とする。関西地区で調剤薬局14店舗を経営する株式会社リジョイス薬局の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2006年４月	山形県を中心に調剤薬局店舗17店舗を経営する株式会社ダムファールマ及びメディカルハートランド株式会社の全株式を取得し、両社を完全子会社とする。株式会社ホールセールスターズ（連結子会社）を設立し、ジェネリック医薬品の卸売業を開始する。
2007年１月	新潟県に調剤薬局18店舗を経営する株式会社ダイチクの全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2007年４月	子会社株式会社ダムファールマ及びメディカルハートランド株式会社が合併し、株式会社メディカルハートランドとなる。
2007年６月	埼玉県を中心とする関東地区に調剤薬局86店舗を経営する株式会社あさひ調剤の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2007年11月	富山県に調剤薬局５店舗を経営するサンウッド株式会社の発行済株式総数の83.3％（議決権は100％）を取得し、同社を子会社とする。
2008年６月	株式会社アインメディカルシステムズとの株式交換により、同社を完全子会社とする。
2008年８月	株式会社セブン&アイ・ホールディングスと業務提携及び資本提携契約を締結する。

2009年４月	東京証券取引所市場第二部に株式を上場。
2009年６月	株式会社セブン&アイ・ホールディングス、株式会社イトーヨーカ堂及び株式会社セブン-イレブン・ジャパンと共同出資により、ドラッグストア運営会社「株式会社セブンヘルスケア」を設立。
2009年８月	子会社株式会社アインメディカルシステムズを存続会社として、株式会社リジョイスと合併する。
2009年10月	子会社株式会社アイン東海及び株式会社リジョイス薬局が合併し、株式会社アインメディオとなる。
2010年４月	子会社株式会社アインメディオを存続会社として、サンウッド株式会社と合併する。東京証券取引所市場第一部指定。
2010年５月	札幌証券取引所に株式を上場。
2011年４月	子会社株式会社メディカルハートランドと合併し、調剤薬局18店舗を引継ぐ。
2012年４月	子会社株式会社アインメディオを分割会社とする吸収分割により、ドラッグストア11店舗及び同事業を引き継ぐ。
2012年８月	子会社株式会社アインメディカルシステムズと合併し、調剤薬局70店舗を引き継ぐ。
2015年２月	静岡県を中心に調剤薬局52店舗を経営する株式会社メディオ薬局の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2015年９月	株式会社アユーララボラトリーズの全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2015年11月	持株会社体制への移行に伴い、当社商号を株式会社アインホールディングスに変更する。当社のグループ経営管理を除く一切の事業部門に関する権利義務を100%連結子会社である株式会社アインファーマシーズ（旧商号アイン分割準備株式会社）に承継する。香川県を中心に調剤薬局41店舗を経営する株式会社西日本ファーマシー及び株式会社瀬戸内ファーマシーの親会社である、NPホールディングス株式会社の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2016年12月	全国にグループ全体で115店舗を展開する株式会社葵調剤の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2018年９月	新潟県を中心に調剤薬局店舗56店舗を経営する株式会社コム・メディカル及び有限会社ABCファーマシーの全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2018年11月	子会社株式会社アインファーマシーズを存続会社として、株式会社アインメディオと合併する。
2019年３月	長野県に調剤薬局36店舗を経営する土屋薬品株式会社の全株式を取得し、同社を完全子会社とする。
2019年４月	子会社株式会社アインファーマシーズを存続会社として、株式会社メディオ薬局と合併する。
2019年11月	子会社株式会社アインファーマシーズがメイクアップコスメブランド「DAZZSHOP」の事業を譲り受ける。
2020年３月	シダックス株式会社と業務提携契約を締結するとともに、同社子会社シダックスアイ株式会社の全株式を取得し、同子会社を完全子会社とする。
2020年５月	子会社株式会社アインファーマシーズを存続会社として、シダックスアイ株式会社と合併する。
2021年４月	土屋薬品株式会社の商号を、株式会社アイン信州に変更する。
2022年４月	東京証券取引所新市場区分「プライム市場」へ移行。
2022年５月	子会社株式会社アインファーマシーズを存続会社として、株式会社葵調剤と合併する。全国に調剤薬局約100店舗をグループで展開する株式会社ファーマシィホールディングスの全株式を取得し、同社を完全子会社とする。

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