2003年９月	株式会社アズウェルおよび福神株式会社が株式移転により当社を設立。当社の普通株式を株式会社東京証券取引所、株式会社大阪証券取引所に上場。
2004年４月	福神株式会社が、ダイワ薬品株式会社および株式会社小田島を株式取得により子会社化。
2004年７月	株式会社大正堂を株式交換により完全子会社化。
2004年10月	株式会社アズウェル、福神株式会社および株式会社大正堂が会社分割により、事業分野別に、医薬品等卸売事業を行うアルフレッサ株式会社と医薬品等製造事業を行うアルフレッサファーマ株式会社に再編。
2004年12月	アルフレッサピップトウキョウ株式会社(現アルフレッサメディカルサービス株式会社)を設立。
2005年２月	アルフレッサ株式会社が、松田医薬品株式会社から営業の一部譲り受け。
	アルフレッサ株式会社が、日建産業株式会社を株式取得により子会社化。
2005年４月	株式会社岡内勧弘堂、弘和薬品株式会社およびダイワ薬品株式会社を株式交換により完全子会社化。
2005年10月	成和産業株式会社を株式交換により完全子会社化。株式会社岡内勧弘堂が弘和薬品株式会社およびダイワ薬品株式会社と合併し、四国アルフレッサ株式会社に商号変更。
2006年４月	明祥株式会社を株式交換により完全子会社化。
2007年３月	アルフレッサ株式会社の子会社であった株式会社小田島を株式交換により完全子会社化。
2007年10月	シーエス薬品株式会社および株式会社琉薬を株式交換により完全子会社化。
	アルフレッサシステム株式会社を日立製作所株式会社と合弁で設立。
2008年３月	アポロメディカルホールディングス株式会社を株式取得により子会社化。
2010年１月	アルフレッサ株式会社の子会社であった安藤株式会社およびアルフレッサ日建産業株式会社(旧日建産業株式会社)を株式交換により完全子会社化。
2010年10月	丹平中田株式会社(現アルフレッサヘルスケア株式会社)を株式交換により完全子会社化。
2011年10月	アルフレッサ株式会社が安藤株式会社を吸収合併。
	シーエス薬品株式会社のセルフメディケーション卸売事業をアルフレッサヘルスケア株式会社へ会社分割により承継。
2012年10月	常盤薬品株式会社を株式交換により完全子会社化。アルフレッサ株式会社の子会社であった株式会社恒和薬品を株式交換により完全子会社化。
2014年４月	篠原化学薬品株式会社(現アルフレッサ篠原化学株式会社)を株式交換により完全子会社化。
2014年10月	アルフレッサヘルスケア株式会社が株式会社茂木薬品商会を株式取得により完全子会社化。
2015年３月	株式会社日本アポックを株式取得により子会社化。
2015年４月	アルフレッサファーマ株式会社がアルフレッサファインケミカル株式会社を株式取得により完全子会社化。成和産業株式会社が常盤薬品株式会社と合併し、ティーエスアルフレッサ株式会社に商号変更。
2016年４月	アルフレッサ株式会社がアルフレッサ日建産業株式会社を吸収合併。サンノーバ株式会社を株式取得により完全子会社化。
2016年７月	ティーエスアルフレッサ株式会社の九州エリアにおける医療用医薬品等卸売事業をアルフレッサ株式会社へ事業譲渡により承継。
2016年10月	アルフレッサ株式会社がシーエス薬品株式会社を吸収合併。
2018年７月	株式会社恒和薬品の北海道エリアにおける医療用医薬品等卸売事業をアルフレッサ株式会社へ事業譲渡により承継。
2018年10月	株式会社恒和薬品が株式会社小田島と合併し、東北アルフレッサ株式会社に商号変更。
2021年４月	アルフレッサヘルスケア株式会社が株式会社茂木薬品商会を吸収合併。アポロメディカルホールディングス株式会社が株式会社日本アポックおよび株式会社中日ファーマシーを吸収合併し、アポクリート株式会社に商号変更。
2022年４月	株式会社東京証券取引所の市場区分の見直しにより市場第一部からプライム市場へ移行。
2023年２月	株式会社宮崎温仙堂商店を株式取得により完全子会社化。
2023年４月	アルフレッサファーマ株式会社がサンノーバ株式会社を吸収合併。

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