2000年９月	インターネットを活用した医療関連事業を行うため、東京都品川区に、ソネット・エムスリー株式会社を設立
2000年10月	MR（製薬会社の医薬情報担当者）による医師への情報提供をサポートする、インターネットを活用したコミュニケーションツールサービス、「MR君」提供開始
2002年３月	ウェブエムディ株式会社より医療情報サイト「WebMD Japan」（2002年８月に「so-netm3.com」に名称変更）の事業を営業譲受
2003年１月	ソニーコミュニケーションネットワーク株式会社（現　ソニーネットワークコミュニケーションズ株式会社）より、医療情報サイト「MediPro / MyMedipro」の事業を営業譲受
2003年７月	平行して運営してきた「MyMedipro」と「so-netm3.com」の２つの医療情報サイトを統合、医療専門サイト「m3.com」運営開始
2003年10月	米国での事業展開を目的として、So-net M3 USA Corporation（現　M3 USA Corporation）を設立
2004年９月	株式会社東京証券取引所マザーズ市場に株式を上場
2005年６月	韓国で医療情報サイトを運営するMedi C&C Co., Ltd.を連結子会社化
2006年６月	米国で医療情報サイトを運営するMDLinx, Inc.（2009年３月にSo-net M3 USA Corporation（現　M3 USA Corporation）に吸収合併）を連結子会社化本店を東京都港区芝大門に移転
2007年３月	株式会社東京証券取引所市場第一部へ上場市場を変更
2009年４月	IT活用による大規模臨床研究支援事業を行うメビックス株式会社に公開買付けを実施、連結子会社化
2009年12月	医師・薬剤師向け求人広告事業及び人材紹介事業を営むエムスリーキャリア株式会社を設立
2010年１月	商号をエムスリー株式会社に変更
2010年11月	英国の市場調査会社EMS Research Limited（2014年10月にDoctors.net.uk Limited（現　M3 (EU) Limited）に全事業を移管）を連結子会社化
2011年４月	医療用医薬品に関する広告代理店であるリノ・メディカル株式会社及び学会・研究会の会員制コミュニティサイトを運営する学会研究会jp株式会社（現　株式会社エムプラス）を連結子会社化
2011年８月	英国において医師向けポータルサイトを運営するDoctors.net.uk Limited（現　M3 (EU) Limited）を連結子会社化
2011年11月	本店を現在地に移転
2012年８月	治験業務の支援を行う株式会社MICメディカル（2021年６月に株式会社メディサイエンスプラニングに吸収合併）を連結子会社化
2012年10月	電子カルテ等の開発・販売・サポート事業を営む株式会社シィ・エム・エス（現　エムスリーソリューションズ株式発行）を連結子会社化
2013年11月	中国での事業展開を目的として、Kingyee Co., Limited（現　Medlive Technology Co., Ltd.）を連結子会社化（2021年６月に同社の香港証券取引所上場に伴い当社の連結子会社を外れ、持分法適用関連会社化）
2014年２月	治験業務の支援を行う株式会社メディサイエンスプラニングを株式交換により連結子会社化
2014年８月	医療機関の運営サポート事業を営むエムスリードクターサポート株式会社（現　株式会社シーユーシー）を設立
2014年10月	株式会社メディサイエンスプラニングのCSO事業を分社化し、エムスリーマーケティング株式会社を設立
2015年４月	治験業務全般の管理・運営を支援するノイエス株式会社を連結子会社化
2016年１月	病院検索サイト等を運営する株式会社QLifeを連結子会社化技術の事業化等を推進するシーズロケット事業を営むエムスリーアイ株式会社を設立
2016年５月	医療福祉系国家試験の対策等の事業を営む株式会社テコム（現　エムスリーエデュケーション株式会社）を設立。2016年８月にテコムグループ（株式会社テコム医学研修協会、他11社）より事業譲受
2016年11月	フランス、ドイツ、スペインを中心に医薬品情報データベース関連事業を営むVidal Groupの持株会社であるAXIO Medical Holdings Limited（現　M3 Medical Holdings LTD）を連結子会社化
2016年12月	医療系広告代理店の株式会社インフロント、株式会社インサイト・アイを傘下にもつアイジー・ホールディングス株式会社を連結子会社化
2017年11月	医療機器販売、コンサルティングを行うコスモテック株式会社及び株式会社ジャメックスを連結子会社化
2018年２月	米国において治験支援事業を営むWake Research Holdings, LLC（現　M3 Wake Research, Inc.）の持分権を取得
2018年８月	脳梗塞リハビリ施設を運営する株式会社ワイズを連結子会社化
2019年３月	インドにおいて医学教育事業等を営むNeuroglia Health Private Limitedの持株会社であるDailyRounds, Inc.を連結子会社化
2019年４月	メディカルデータベース事業等を営む株式会社日本アルトマークを連結子会社化
2022年４月	東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行

M3, Inc.JP:2413